Работата од делокругот на Царинската управа се извршува преку основни и внатрешни организациони облици. Основни организациони облици се: Секторите и Царинарниците. Внатрешни организациони облици се: одделенија, служби, царински испостави и отсеци.

Работењето на Царинска управа се извршува преку 5 царинарници, 9 сектори и  4 независни одделенија