До 1991 година царинската служба делуваше во рамките на поранешна СФРЈ. По осамостувањето на Република Македонија, Собранието нa Рeпублика Македонија на 14 април 1992 година го усвои Царинскиот закон со кој е основана Царинската управа на Република Македонија, која од тој момент го стекна суверенитетот и контролата на целото царинско подрачје на Република Македонија.
Овој ден – 14 април, секоја година се прославува како Ден на царината.
20-годишнината од своето постоење Царинската управа го одбележа со издавање на монографија „20 години за идината на Македонија“ каде е претставена целокупната историја на царината како дејност на просторите на Република Македонија, од антички времиња до денес. Истата 2012 година е основан и Царинскиот музеј во рамките на Централната управа со цел зачувување на нашето царинско наследство за идните генерации, како и Информативниот музејски простор (ИМП) во зградата на аеродромот „Александар Велики“ во Скопје.
